Gobernador Manuel Michelta llegó a San Diego de México en agosto de 1842 la directiva para volver las Misiones a la gestión de los franciscanos.
El primer Obispo de la Alta California Francisco García Diego, OFM, dirigida PP. José Jimeno y Juan Moreno para contactar Michelta permiso para construir un seminario en los restos del cuadrángulo de la Misión de Santa Inés. Michelta no sólo dio el permiso, que también donó 35.000 hectáreas y estableció una renta vitalicia anual de $ 500 para su mantenimiento.
En la constitución del Seminario, hay una disposición para la educación de los jóvenes de los terratenientes. Los terratenientes ricos pagarían la matrícula y suficiente dinero fue destinado a los menos afortunados. En 1844 el Colegio de Nuestra Señora de Refugio fue erigido.
Regla de Michelta terminó abruptamente en 1845, cuando los terratenientes locales que habían sido desalojados con éxito presionaron al gobernador en Monterey, Pio Pico para la devolución de las tierras de misión. Pico luego las alquilan ilegalmente. El seminario para los franciscanos fue reubicada 1,5 millas al este de la Misión en 1846 y allí se mantuvo hasta 1850 En 1852, bajo la dirección de la ruta. Rev. José Sadoc Alemany, OP, Obispo de Monterey, el seminario fue re-comisionado para servir como un colegio diocesano y seminario y rebautizada como Nuestra Señora de Guadalupe. También era conocido como Colegio Ranch y proporcionó educación para los hijos de los ganaderos locales.