Anterior a la fundación de la Misión de Santa Inés, se habían establecido dieciocho Misiones. Fray Junípero Serra, seguida de otras misiones a lo largo de la costa de California, fundó la primera, la Misión de San Diego de Alcalá, en 1769 Después de la muerte del Padre Serra en 1784, el P. Fermín de Lasuén continuó el proyecto.
La fundación de una misión entre La Purisima y Santa Barbara había sido considerado por los padres misioneros franciscanos durante varios años. Una Misión de tierra adentro, al norte de Santa Barbara, ayudaría a consolidar su trabajo en la zona. Serían capaces de tomar ventaja de la disposición favorable ya los indios Chumash 'a convertirse al cristianismo. Además, la tribu indígena militante, el Tulares, vivió hacia el noreste, más allá de la región controlada por el Chumash. Una Misión en el valle de Santa Ynez aseguraría la región y crear una zona de amortiguamiento.
Después de completar la cadena costera inicial de Misiones, al norte, el padre Lasuén dirigió Padre Estevan Tapis de la Misión de Santa Barbara para acompañar el Capitán Felipe de Goycoechea para inspeccionar posibles lugares de misión al noreste de las montañas costeras. En el otoño de 1798, la expedición estudió la ranchería Calahuasa (actualmente la Reserva Indígena de Santa Ynez) y otro sitio Chumash llamado Alajlapu (actualmente Solvang). Padre Tapis informó que había 325 viviendas en 14 sitios en Calahuasa y Padre Lasuen informaron los resultados a gobernador Diego Borica. A su vez, el virrey español, Iturrigaray aprobó Calahuasa como un sitio adecuado para una nueva misión.
Sería 6 años antes de los franciscanos podría establecer su nueva misión. El gobernador murió, por lo que entonces se necesitaba la aprobación de su sucesor, José de Arrillaga, en Baja California. No están familiarizados con la zona, Gobernador Arrillaga escribió al Padre Lasuen en abril 1803 sobre el número de guardias que se necesitarían para la nueva Misión. Por el momento la carta se abrió camino a Santa Bárbara, Padre Lasuen había muerto. Padre Estevan Tapis era ahora Presidente de las Misiones. Él respondió a la carta de Arrillaga, detallando el número de indios en la zona y las actividades de un pequeño grupo de forajidos indios que habían estado cometiendo asesinatos en toda la región. En septiembre, el Padre Guardián de la orden franciscana vino de México para inspeccionar el sitio y determinó que un guardia de 6 hombres sería suficiente para proteger la Misión.