La Asamblea mexicano aprobó las leyes de secularización en 1834 Esta legislación trajo el sistema de misión hasta el final. Las nuevas leyes confiscaron las tierras de misión, sus productos y animales y los colocaron bajo la administración de hacendados mexicanos locales. Los sacerdotes de la misión se permitió una pequeña parcela de tierra para su uso y para administrar a las necesidades espirituales de los neófitos restantes.
Además, se pidió a todos los sacerdotes a tomar un juramento de lealtad al gobierno mexicano. Los que permanecieron leales a España fueron deportados a España. Los franciscanos españoles fueron sustituidos por los franciscanos de México. Las iglesias de misiones se convirtieron en iglesias parroquiales administrar a las necesidades espirituales de la población de colonos en crecimiento.
La creciente enemistad entre los administradores y el Chumash dio lugar a la mayor parte de los Chumash de salir de la Misión y de la decadencia final de las Misiones.