En 1851 el gobierno de Estados Unidos anuló la venta ilegal de las tierras de misión por Pio Pico. Varios sacerdotes de diferentes órdenes religiosas y sacerdote diocesano administró el seminario universitario. En la Misión, Padre Eugene O'Connell hizo mejoras de los edificios de la misión, incluyendo la colocación de los primeros pisos de asfalto.
Un decreto firmado por el presidente Abraham Lincoln el 24 de mayo 1862 regresó formalmente las Misiones de la Iglesia Católica con la posesión dada al Obispo de Monterey.
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Esta foto de las ruinas en la Misión de Santa Inés puede datar desde tan temprano como 1865. SANTA BARBARA MISIÓN ARCHIVO-BIBLIOTECA |
Supervisión del seminario universitario fue trasladado a los Hermanos Cristianos 1877 hasta 1881. La institución fue cerrada y el Obispo vendió 20.000 acres. Algunos de la zona se convirtió en la ciudad de Santa Ynez.
La familia Donohue que residía en Gilroy, CA fue invitado por el P. Michael Lynch para vivir y trabajar en la Misión en 1884, el P. Lynch residía en la universidad, pero fue dirigida para pasar a la Misión con los PP. Farrelly y la falta, y supervisar las reparaciones. Sr. Donohue un carpintero, albañil y herrero es reconocido por realizar las primeras mejoras de los edificios de la misión desde el final de la Misión de Era. A menudo, la financiación de las reparaciones, el señor Donohue y sus 4 hijos mejoraron las paredes y pisos, y construyeron una gran sala o sala de estar para los sacerdotes. En 1898, la familia se trasladó Donohue de la Misión a su rancho ubicado cerca de ¼ de milla de la Misión.